Im Jahre 1168 ordnete Friedrich Barbarossa (reg. 1152 bis 1190) auf dem Reichstag in Würzburg an, das castrum francenberg niederlegen zu lassen. Die Örtlichkeit war in ein Kloster umzuwandeln.
Die zu diesem Zeitpunkt bestehenden Baustrukturen wie die Umfassungsmauer und die Kirche blieben stehen. Das steinerne Haus wurden bis auf die Grundmauern abgetragen. Die Baumaterialien dienten zur Errichtung der südlich angrenzenden Klausurgebäude. Auch ein reich ausgestattetes Wohnhaus für den Vorsteher des Benediktinerinnenklosters, wurde errichtet. Zahlreiche gepflasterte Innenräume belegen ebenso wie die aus dieser Bauphase stammenden Fundobjekte, wie hochqualitatives Geschirr oder bemaltes Fensterglas, den hohen Lebensstandard der Nonnen. In der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts zerstöre ein Brand weite Teile der Anlage. Auch die Klosterkirche dürfte den Flammen zum Opfer gefallen sein. Bald darauf wurde der Wiederaufbau in Angriff genommen. Dabei wurden die repräsentativsten Gebäudefluchten mit gewölbten Kellern ausgestattet. Das Frauenkloster existierte bis 1439.
Die Übernahme durch Amorbach: Das Priorat
Im zweiten Drittel des 15. Jahrhunderts nahmen die Amorbacher Mönche das Kloster in Besitz. Spätestens dann wurde die Weinverarbeitung intensiviert. Sie lässt sich heute noch in der Bausubstanz in Form eines großen Weinkellers und einem direkt diesem angegliederten Kelterraum nachvollziehen. Über den zeitgleich gepflasterten Zugangsweg konnten die zu pressenden Trauben angeliefert und über die Treppe direkt in den Kelterbereich gebracht werden. Der Most wurde anschließenden im angrenzenden Gewölbekeller für die Weinreifung eingelagert.
Dass mit der Übernahme auch die Inneneinrichtung modernisiert wurde, zeigt der Einbau eines farbig glasierten Kachelofens im Prioratshaus mit Motiven der Formensprache der Spätgotik aus dem Oberrhein. Auf den Ofenkeramiken findet sich Maßwerk, Rosen und religiöse Motive. Weitere Reliefs zeigen einen Falken, der an einer Blüte riecht.
Als Götz von Berlichingen im Jahre 1525 sein Hauptquartier in Amorbach aufschlug, wurde die Bebauung auf dem Gotthardsberg vollständig niedergebrannt. Zu diesem Zeitpunkt hatte die Abtei in Amorbach gerade die Zehntscheune zur Weinproduktion und Lagerung von landwirtschaftlichen Erzeugnissen fertiggestellt. Entsprechende Räumlichkeiten in dezentral gelegene Liegenschaften wie die auf dem Gotthardsberg hatten durch ein solches Investment ihr Funktion verloren.
Impressionen